MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/UCH-2 complete genome

Total Repeats: 20291

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020931	AGG	2	6	18	23	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478454032
2	NC_020931	GGAT	2	8	57	64	25 %	25 %	50 %	0 %	478454032
3	NC_020931	TAA	3	9	93	101	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478454032
4	NC_020931	AGT	2	6	168	173	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454032
5	NC_020931	GA	3	6	212	217	50 %	0 %	50 %	0 %	478454032
6	NC_020931	AAG	2	6	324	329	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454032
7	NC_020931	CAA	2	6	338	343	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478454032
8	NC_020931	AGT	2	6	364	369	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454032
9	NC_020931	GTG	2	6	380	385	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478454032
10	NC_020931	GGGA	2	8	394	401	25 %	0 %	75 %	0 %	478454032
11	NC_020931	CAG	2	6	413	418	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478454032
12	NC_020931	GCT	2	6	532	537	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478454032
13	NC_020931	AGTG	2	8	544	551	25 %	25 %	50 %	0 %	478454032
14	NC_020931	ATT	2	6	557	562	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478454032
15	NC_020931	TGGC	2	8	578	585	0 %	25 %	50 %	25 %	478454032
16	NC_020931	GCC	2	6	601	606	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	478454032
17	NC_020931	TGC	2	6	660	665	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478454032
18	NC_020931	ATT	2	6	672	677	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478454032
19	NC_020931	CGA	2	6	694	699	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478454032
20	NC_020931	TAT	2	6	836	841	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478454032
21	NC_020931	AG	3	6	844	849	50 %	0 %	50 %	0 %	478454032
22	NC_020931	GAA	2	6	883	888	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454032
23	NC_020931	AGA	2	6	912	917	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454032
24	NC_020931	AGA	2	6	966	971	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454032
25	NC_020931	CAA	2	6	1039	1044	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478454032
26	NC_020931	AATG	2	8	1063	1070	50 %	25 %	25 %	0 %	478454032
27	NC_020931	TTG	2	6	1182	1187	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478454032
28	NC_020931	CTC	2	6	1211	1216	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478454032
29	NC_020931	GAT	2	6	1273	1278	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454032
30	NC_020931	GAT	2	6	1327	1332	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454032
31	NC_020931	GAAGGA	2	12	1357	1368	50 %	0 %	50 %	0 %	478454032
32	NC_020931	ATG	2	6	1390	1395	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454032
33	NC_020931	CTAT	2	8	1397	1404	25 %	50 %	0 %	25 %	478454032
34	NC_020931	CTT	2	6	1610	1615	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478454032
35	NC_020931	CAG	2	6	1675	1680	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478454032
36	NC_020931	ATG	2	6	1933	1938	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454033
37	NC_020931	GTG	2	6	1939	1944	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478454033
38	NC_020931	TCC	2	6	1948	1953	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478454033
39	NC_020931	AGC	2	6	1962	1967	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478454033
40	NC_020931	T	6	6	1981	1986	0 %	100 %	0 %	0 %	478454033
41	NC_020931	AGC	2	6	1989	1994	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478454033
42	NC_020931	AAG	2	6	2000	2005	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454033
43	NC_020931	TAC	2	6	2038	2043	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478454033
44	NC_020931	GCT	2	6	2048	2053	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478454033
45	NC_020931	AGTA	2	8	2086	2093	50 %	25 %	25 %	0 %	478454033
46	NC_020931	AAC	2	6	2146	2151	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478454033
47	NC_020931	AGA	2	6	2158	2163	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454033
48	NC_020931	AGA	2	6	2414	2419	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454034
49	NC_020931	ATC	2	6	2421	2426	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478454034
50	NC_020931	TGC	2	6	2441	2446	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478454034
51	NC_020931	ATGA	2	8	2490	2497	50 %	25 %	25 %	0 %	478454034
52	NC_020931	GATA	2	8	2528	2535	50 %	25 %	25 %	0 %	478454034
53	NC_020931	CAT	2	6	2565	2570	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478454034
54	NC_020931	AGA	2	6	2594	2599	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454034
55	NC_020931	AAG	2	6	2623	2628	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454034
56	NC_020931	GGA	2	6	2658	2663	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478454034
57	NC_020931	AG	3	6	2750	2755	50 %	0 %	50 %	0 %	478454035
58	NC_020931	ATC	2	6	2787	2792	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478454035
59	NC_020931	TC	3	6	2831	2836	0 %	50 %	0 %	50 %	478454035
60	NC_020931	ATA	2	6	2937	2942	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478454035
61	NC_020931	AAC	2	6	2962	2967	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478454035
62	NC_020931	GGT	2	6	3016	3021	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478454035
63	NC_020931	AAT	2	6	3122	3127	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478454035
64	NC_020931	TTC	2	6	3157	3162	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478454035
65	NC_020931	GCA	2	6	3176	3181	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478454035
66	NC_020931	GGA	2	6	3224	3229	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478454035
67	NC_020931	CAG	2	6	3243	3248	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478454035
68	NC_020931	GTT	2	6	3260	3265	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478454035
69	NC_020931	GGT	2	6	3352	3357	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478454035
70	NC_020931	GA	3	6	3418	3423	50 %	0 %	50 %	0 %	478454035
71	NC_020931	T	6	6	3425	3430	0 %	100 %	0 %	0 %	478454035
72	NC_020931	AAG	2	6	3510	3515	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454035
73	NC_020931	ATT	2	6	3572	3577	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478454035
74	NC_020931	TTG	2	6	3624	3629	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478454035
75	NC_020931	CATG	2	8	3706	3713	25 %	25 %	25 %	25 %	478454035
76	NC_020931	AAG	2	6	3735	3740	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454035
77	NC_020931	AAG	2	6	3750	3755	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454035
78	NC_020931	CAG	2	6	3792	3797	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478454035
79	NC_020931	GCT	2	6	3863	3868	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478454035
80	NC_020931	TGTGA	2	10	3878	3887	20 %	40 %	40 %	0 %	478454035
81	NC_020931	TTCC	2	8	4011	4018	0 %	50 %	0 %	50 %	478454035
82	NC_020931	AAG	2	6	4029	4034	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454035
83	NC_020931	CAG	2	6	4079	4084	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478454035
84	NC_020931	GGA	2	6	4166	4171	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478454035
85	NC_020931	AAT	2	6	4176	4181	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478454035
86	NC_020931	TTGAA	2	10	4234	4243	40 %	40 %	20 %	0 %	478454036
87	NC_020931	ATT	2	6	4256	4261	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478454036
88	NC_020931	TGA	2	6	4286	4291	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454036
89	NC_020931	TTTA	2	8	4409	4416	25 %	75 %	0 %	0 %	478454036
90	NC_020931	GTA	2	6	4518	4523	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454036
91	NC_020931	GAGAA	2	10	4528	4537	60 %	0 %	40 %	0 %	478454036
92	NC_020931	AGA	2	6	4565	4570	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454036
93	NC_020931	ATCC	2	8	4709	4716	25 %	25 %	0 %	50 %	478454036
94	NC_020931	GAA	2	6	4749	4754	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454036
95	NC_020931	CGT	2	6	4881	4886	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478454036
96	NC_020931	A	7	7	4925	4931	100 %	0 %	0 %	0 %	478454036
97	NC_020931	GTT	2	6	4932	4937	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478454036
98	NC_020931	GAAAA	2	10	4965	4974	80 %	0 %	20 %	0 %	478454036
99	NC_020931	A	7	7	4971	4977	100 %	0 %	0 %	0 %	478454036
100	NC_020931	TGA	2	6	5069	5074	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454036
101	NC_020931	AT	3	6	5111	5116	50 %	50 %	0 %	0 %	478454036
102	NC_020931	TTACA	2	10	5120	5129	40 %	40 %	0 %	20 %	478454036
103	NC_020931	TTG	2	6	5164	5169	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478454036
104	NC_020931	TTC	2	6	5305	5310	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478454036
105	NC_020931	TCT	2	6	5397	5402	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478454036
106	NC_020931	AGA	2	6	5417	5422	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454036
107	NC_020931	GTT	2	6	5444	5449	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478454036
108	NC_020931	GACG	2	8	5456	5463	25 %	0 %	50 %	25 %	478454036
109	NC_020931	GGT	2	6	5492	5497	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478454036
110	NC_020931	AAAGCT	2	12	5538	5549	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478454036
111	NC_020931	TTGG	2	8	5559	5566	0 %	50 %	50 %	0 %	478454036
112	NC_020931	CTC	2	6	5596	5601	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478454036
113	NC_020931	AGC	2	6	5627	5632	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478454036
114	NC_020931	ATT	2	6	5746	5751	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478454037
115	NC_020931	TCT	2	6	5764	5769	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478454037
116	NC_020931	GCT	2	6	5810	5815	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478454037
117	NC_020931	GTCTT	2	10	5816	5825	0 %	60 %	20 %	20 %	478454037
118	NC_020931	GAT	2	6	5845	5850	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454037
119	NC_020931	TC	3	6	5861	5866	0 %	50 %	0 %	50 %	478454037
120	NC_020931	GA	3	6	5872	5877	50 %	0 %	50 %	0 %	478454037
121	NC_020931	ACG	2	6	5883	5888	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478454037
122	NC_020931	GAA	2	6	5907	5912	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454037
123	NC_020931	TGGA	2	8	5920	5927	25 %	25 %	50 %	0 %	478454037
124	NC_020931	AT	3	6	5976	5981	50 %	50 %	0 %	0 %	478454037
125	NC_020931	AGA	3	9	5984	5992	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454037
126	NC_020931	GCT	2	6	5993	5998	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478454037
127	NC_020931	AGA	2	6	6002	6007	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454037
128	NC_020931	TGG	2	6	6038	6043	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478454037
129	NC_020931	AGA	3	9	6056	6064	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454037
130	NC_020931	GGA	2	6	6065	6070	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478454037
131	NC_020931	TG	3	6	6129	6134	0 %	50 %	50 %	0 %	478454037
132	NC_020931	T	6	6	6207	6212	0 %	100 %	0 %	0 %	478454037
133	NC_020931	TCA	2	6	6250	6255	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478454037
134	NC_020931	GGA	2	6	6287	6292	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478454037
135	NC_020931	CTTT	2	8	6297	6304	0 %	75 %	0 %	25 %	478454037
136	NC_020931	CTT	2	6	6347	6352	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478454037
137	NC_020931	CTG	2	6	6353	6358	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478454037
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143	NC_020931	GGTG	2	8	7115	7122	0 %	25 %	75 %	0 %	478454038
144	NC_020931	AAAT	2	8	7181	7188	75 %	25 %	0 %	0 %	478454038
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163	NC_020931	CTT	2	6	9082	9087	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478454040
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179	NC_020931	GTT	2	6	9657	9662	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478454040
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262	NC_020931	TTC	2	6	13488	13493	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478454044
263	NC_020931	AG	3	6	13521	13526	50 %	0 %	50 %	0 %	478454044
264	NC_020931	ATGC	2	8	13603	13610	25 %	25 %	25 %	25 %	478454044
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397	NC_020931	GTTGT	2	10	20930	20939	0 %	60 %	40 %	0 %	478454050
398	NC_020931	TGC	2	6	20979	20984	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478454050
399	NC_020931	A	8	8	20988	20995	100 %	0 %	0 %	0 %	478454050
400	NC_020931	A	6	6	21004	21009	100 %	0 %	0 %	0 %	478454050
401	NC_020931	AAGAT	2	10	22042	22051	60 %	20 %	20 %	0 %	478454051
402	NC_020931	A	6	6	22111	22116	100 %	0 %	0 %	0 %	478454051
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